Trước sau trong 46 năm ròng rã, hai bên Trịnh – Nguyễn đánh nhau lớn 7 lần và một số lần đánh nhau quy mô nhỏ hơn. Chiến trường chủ yếu ở hai bờ sông Gianh, vùng Nghệ An, Hà Tĩnh và Quảng Bình ngày nay.

Hai bên đều có lợi thế và điểm yếu nên không thể tiêu diệt được nhau, tuy cùng mang khẩu hiệu "Phù Lê". Sau nhiều năm giao chiến, cả hai bên đều kiệt quệ về sức người sức của nên phải chấp nhận đình chiến, chia cắt lâu dài. Sông Gianh, sử sách hay gọi là Linh Giang, trở thành ranh giới chia nước Đại Việt thành Đàng Trong và Đàng Ngoài.

Họ Trịnh không thể tiến vào chiếm Thuận Hóa nên tập trung diệt tàn dư nhà Mạc ở Cao Bằng (1677), dứt họ Vũ ở Tuyên Quang (1699), củng cố địa bàn Bắc Bộ. Họ Nguyễn không thể ra Thăng Long nên dồn sức diệt Chiêm Thành, lấn sang Chân Lạp để mở mang bờ cõi vốn nhỏ hẹp về phía nam. Hai bên đều có những chúa cai trị giỏi nên ổn định được lãnh thổ suốt hơn 100 năm.